該技術的實驗原理是將標記有熒光素的Taqman探針，或者在反應體系中加入過量的SYBR染料非特異性與模板DNA混合后，在一系列溫度的變化作用下，熒光素游離于反應體系中，在特定光激發下發出熒光，隨著循環次數的增加，被擴增的目的基因片段呈指數規律增長，通過實時檢測與之對應的隨擴增而檢測熒光信號強度，求得Ct值（即每個反應管內的熒光信號到達設定閾值時所經歷的循環數），同時利用數個已知模板濃度的標準品或內參作對照，即可得出待測標本目的基因的拷貝數。熒光定量PCR的優點在于其簡便操作、特異性以及對樣本中目的基因進行定量，在分子生物學基礎研究中廣泛應用。